La bandera es un color claro ,en la que se expresa una rama con cinco hojas de distintos colores, y un sol rojo. Sus colores tomados desde abajo hacia arriba son:
HOJA MARRÓN: fundamenta la preexistencia originaria y raíz histórica de Aguaray.
HOJA AMARILLA: Refiere al clima tropical de la región,al cual pertenece Aguaray.
HOJA CELESTE: Representa a la Aguada,Laguna del Zorro.
HOJA NEGRA: Es referencia a la explotación petrolífera en el cerro Capiazuti en 1911,como así el progreso generado por la habilitación y servicio ferroviario,explotación forestal y fuente de trabajo de ese entonces.
HOJA VERDE: Representa la riqueza paisajista,de la zona con su influencia yunga. Un verde exuberante que otros pueblos de la provincia no disfrutan.
SOL ROJO:Es una alusión de la leyenda Chané en una profecía de derramamiento de sangre y guerra entre hermanos.